Charles Darwin, Baconcı ilkelere bağlı bir şekilde çalışmalarını gerçekleştirdiğini söylemiştir. Darwin, bununla, gözlemi önceleyen bilimsel bir metodu benimsediğini ve yaptığı tikel gözlemlerden bütünle ilgili bir teoriye vardığını ifade etmek istiyordu. (Francis Bacon’un bilimsel metodunun tam olarak ne olduğu bilim felsefesinde tartışılmıştır ama o tartışmaya burada girilmeyecektir.) Darwin’in, bilgi teorisinde (epistemolojisinde) ve bilimsel metodolojisinde gözlemi ve tümevarımı benimsediği anlaşılmaktadır; Baconcı ilkeleri takip ettiğini söyleyerek bu seçimini ifade etmek istemiştir.
Burada “gözlem”den bahsedilmişken, türlerdeki değişimle ilgili olarak doğrudan gözlenebilenin ne olduğunu tepit etmek önemlidir. Doğrudan gözlemle Darwin, hayvan yetiştiricilerinin damızlıklarla çiftleşmeyi sağlamalarıyla, türün daha verimli hayvanlarını elde edebilmeleri gibi tespitler yaptı Bu gözlemi yapay seleksiyonla ilgiliydi ama yapay seleksiyonla olan bu değişimin, uzun zaman sonucunda doğal seleksiyonla daha fazlasının olacağını düşündü.